到了十六世紀,也就是德川幕府時代,葡萄牙人最早登上了日本人的土地。天主教會中的耶穌傳教士沙勿略(Francisco de Xavier),在1541年從里斯本到葡屬印度;再到麻六甲,遇到一位日本人安治郎,就在1549年和他一齊到日本鹿兒島開始傳教;後來受佛教徒的迫害,轉到平戶、山口傳教,並在山口建立第一座基督教堂,日本人稱之為「南蠻寺」。隨後就有各派西方傳教士前來,他們以慈善事業來收攬人心,創建癩病院(即痲瘋病院)收容當時醫生最不願診治的癩病患者,也設立貧民病院、孤兒院、養老院;並且向上流社會展示了西方的醫療,稱之為「南蠻流的治療」,治癒許多患者,也打入了上流社會,甚至日本有些大名(諸侯)都信奉天主教,相傳到了1596年,日本到處都有教堂,信眾也近百萬。